木質包裝的檢疫包括入境木質包裝的檢疫和出境木質包裝的檢疫。
入境木質包裝檢疫，是指對進入我國的木托盤，木箱，木架，枕木等木質包裝材料進行檢查和監管，看其是否攜帶有害生物，它是在入境貨物通關的一個重要法定環節。由于我國進口的設備的大多采用木托盤，木箱等木質包裝，因此當進口設備通關時，必須對設備的木質包裝進行檢疫。
同樣，出境木質包裝的檢疫，是指對出口貨物所使用的木托盤，木箱等木質包裝進行檢疫，看是否已經進行除害消毒處理，防止有害生物傳播到其他國家。
2000年，我國出入境檢驗檢疫局等發布第23號公告，規定對美國，日本進口的木質包裝材料采取緊急檢疫措施，以防止松材線蟲的傳播，于是木托盤，木箱，木架，木桶等木質包裝檢疫成為我國口岸檢疫人員檢查的重點；
2002年，我國出入境檢驗檢疫局等發布第58號公告，規定對歐盟15個國家進口的木質包裝材料提出了檢疫要求；
2005年，國家質檢總局等發布第11號公告，頒布《進境貨物木質包裝檢疫監督管理辦法》，要求所有入境貨物木質包裝必須進行除害處理，并加施IPPC標識章，該規定又被稱為2005年第84號令。同年3月，國家質檢總局發布第69號令，頒布《出境貨物木質包裝檢疫處理管理辦法》，要求所有出境貨物木質包裝應當按照規定要求進行檢疫除害處理，并加施IPPC專用標識章。
因此，不論是進口貨物還是出口貨物，只要其使用木托，木箱等木質包裝材料，都必須進行熏蒸或者熱處理除害，并加施IPPC標識章。